一、马德里注册的优点
１、手续简便
     国际商标申请人可仅需直接向所属国商标主管部们提出申请，不必再委托其他国外的商标代理人或组织办理；申请人仅需用一种文字提交一份申请书（在我国可用中文填写一份申请书），即可同时指定一个或多个国家，在一个或多个商品/服务类别上申请商标国际注册。申请手续简便。

２、费用低廉
     申请人缴纳以瑞士法郎计算的统一规费，或根据“议定书”再缴纳单独规费，而无须逐一向每一个指定保护的国家分别交费。另外，根据“协定”及“议定书”，国际注册申请人可不经过代理人，直接向本国的商标主管机关提出注册申请，从而可节省一笔代理费。从数额上看，国际注册费大大低于分别向每个国家申请注册的费用，后者一般包括该国商标注册规费、代理费和翻译费等。商标申请人在马德里所有成员国就一个类别申请商标注册所需的费用是逐一国家申请注册所需费用的1/12～1/11。因此，费用低廉。

３、时间快捷
     申请人从向商标局提交商标国际注册申请之日起，如果手续齐备并按规定缴纳费用，一般六个月即可取得国际商标注册证。根据“协定”和“议定书”的规定，该商标申请自国际局登记此项国际注册之日起十二个月（协定）或十八个月（议定书）内，申请人指定保护国家的商标主管机关有权驳回这一领土延伸申请，也就是说，从国际注册日起，如果被指定国在上述的规定期限内没有向国际局发出驳回通知，该商标将在该指定国自动得到保护。申请人在十二个月或十八个月左右的时间内，就能知道自己的国际注册商标在各有关国家是否得到保护。

二、马德里注册的缺点
１、注册国家的局限性
     因为《马德里协定》最先是由实施商标注册原则的国家提出的，所以，以取得所属国国内注册作为申请国际注册的先决条件，限制了一部分实施商标使用原则的国家的积极性；

     “马德里联盟”是指由“马德里协定”和“马德里议定书”所适用的国家或政府间组织所组成的商标国际注册特别联盟。截止 2015 年6月5日，马德里联盟共有95个成员国（或称缔约方），一些同我国贸易联系密切的国家，目前还不是成员国。我国企业无法通过马德里国际注册途径在这些国家取得商标注册。

２、基于协定的国际注册申请和基于议定书的国际注册申请的主要区别在于：
申请人资格不同
马德里协定国际注册申请必须基于本国注册商标；
马德里议定书国际注册申请可以基于本国注册或申请商标；因此，在申请上有一定的限制。

３、注册效力的不稳定性
     由于国际注册要求以国内申请/注册为基础，五年后才能与原属国的注册脱钩，因此一旦原属国的注册在五年内被撤销，国际注册也随之将被撤销，这一情况又被称之为"中心打击原则。

4、① 商标申请在审查中被驳回，如需复审，不能向国际局而必须向作出驳回决定国家的商标主管机构提出，并另行支付费用；
     ② 由于国际注册先颁证后审查，使注册证上指定的国家可能和最终获得注册的国家不同，不便于注册人管理；
     ③ 同时，马德里国际注册证书不是商标获得注册的有效证明，使用时必须附有指定国家出具的注册证明才能被承认为注册商标。

5、驳回期限不同
马德里协定国际注册申请的驳回期限为 12个月；
马德里议定书国际注册申请驳回期限为 18个月。